How to Extract Rice Genomic DNA?

Genomic DNA extraction from rice little bit different with those Arabidopsis. And this time we will share the method to isolate genomic extraction from rice (small scale). The whole steps are:

1. Make buffer (the amount of buffer depends on how many sample will be extracted). Buffer: 100 mM Tris-HCl pH 7.2; 10 mM EDTA; 0.7 M NaCl; 1% (w/v) CTAB; and 1% (v/v) β-ME. You can mix that from Stock Solution: 1 M Tris-HCl pH 7.2; 0.5 M EDTA pH 8.0; 5 M NaCl; CTAB (powder); and β-ME (liquid).
2. Grinding sample with liquid nitrogen using stick.
3. Add extraction buffer 800 ul/ tube. Mix with strong vortex. Incubate at 65^oC for 30 min – 1,5 hours.
4. Add chloroform 400 ul/ tube, mix. Incubate at room temperature for 5 min.
5. Centrifuge at 12.000 rpm for 10 min. Transfer upper phase to new e-tube.
6. Add 5 ul RNAse and incubate at 37^oC for 30 min.
7. Add 500 or 600 ul isopropanol (chilled), and invert tube for several times.
8. Centrifuge at 12.000 rpm for 15 min.
9. Wash with 70% Et-OH.
10. Centrifuge at 12.000 rpm for 5 min.
11. Dry the pellet at room temperature (about 1 hour) or use vacuum 5 min.
12. Resuspend in 20 – 30 ul water.

How to Sterilize Rice Seeds?

In the last posting, we shared about how to sterilize Arabidopsis seeds. This time we will share about how to sterilize rice seeds. Probably, this method is also applicable for other cereals grain such as maize, barley, wheat even soy bean. You can modify this method little bit for your convenient. The whole steps are:

1. Put 10-20 rice seeds into 2 mL E-tube.
2. (option) Add 1 mL Ethanol to tube, mix with low vortex for 1 minute, then discard the Ethanol.
3. Add washing solution (bleach) around 3/4 of tube, or you can add about 1 mL. Note: Bleach solution is made from a half concentration of Clorox with sterilized water. (option) You can add 0.01% Tween 20 into it.
4. Mix well using vortex with low strength for 30 minutes up to 1 hour.
5. Pipet up the washing solution and change with sterilized water, mix, and change again with the same water. Repeat this steps for  5 or 6 times.
6. Add 1 mL sterilized water and store the seeds in 4 degree celcius for overnight, or
7. You can remove all water from seed, put in the sterilized tissue towel, and directly put into media (seed plating).

Selingan 7

Bersyukurlah, kita yang memiliki keturunan. Anak merupakan amanah yang Allah SWT titipkan kepada kita. Sebagai seorang ayah, kewajiban kita adalah mendidik, menjaga anak-anak kita agar berjalan di jalan yang benar, yang diridho’i-Nya.

Lelah sepulang dari kampus, lab, kerja seharian bukanlah menjadi alasan untuk tidak bermain bersama anak-anak kita. Bukankah kita merindukan beningnya tatapan mata mereka? lugunya kata-kata mereka? lucunya tingkah mereka?

Tidurlah anakku…., mimpikan segala anganmu dalam tidurmu. Ayah senang sekali bermain denganmu, karena bermain denganmu merupakan hiburan yang murah namun sangat berharga.

Transformasi Gen ke Agrobakterium

Pada postingan yang lalu telah dijelaskan bahwa gen (plasmid DNA hasil kloning) harus dimasukkan dulu (transformasi) ke Agrobakterium sebelum ditransfer ke tanaman. Ada dua cara yang digunakan untuk transformasi ke Agrobakterium, yaitu dengan metode electrophoration atau heat shock. Namun kali ini, akan dijelaskan dengan cara heat shock.

Seperti biasa, sebelum transformasi, kita harus membuat sel kompeten dulu. Cara membuat sel kompeten Agrobakterium galur GV3101 sama dengan cara membuat sel kompeten untuk E. coli (lihat postingan: Membuat Sel Kompeten). Namun ada sedikit perbedaan, yaitu:

1. Media yang digunakan, untuk Agrobakterium medianya adalah YEP (lihat postingan: Beberapa Medium untuk Mikroba),
2. Antibiotiknya, yang dimaksud di sini adalah endogenous antibiotik yang dibawa oleh galur tertentu dan tidak dimiliki oleh galur lainnya. Untuk GV3101, antibiotiknya adalah gentamycin.

Sedangkan tahapan transformasinya sama persis dengan transformasi metode heat shock pada E. coli (lihat postingan: Ligasi dan Transformasi). Yang berbeda adalah media-nya yaitu YEP plate agar. Selain itu Agrobakterium adalah mikroba yang memiliki pertumbuhan lebih lambat dari pada E. coli, sehingga inkubasinya membutuhkan waktu selama 48 jam (2 hari).

Mengenal Agrobakterium

Tanaman transgenik pada umumnya dibuat dengan cara memasukkan gen yang diinginkan (gene of interest) kepada tanaman tertentu (Arabidopsis, padi, jagung, tomat, kedelai, dan lain-lain). Namun perlu dicatat bahwa memasukkan suatu gen ke dalam tanaman bukanlah serta merta seperti menyuntikkan obat kepada orang yang sakit, namun memerlukan perantara. Salah satu perantaranya adalah Agrobakterium, yaitu bakteri tanah yang menyebabkan tumor pada tanaman (lihat gambar, atas: dilihat dengan mikroskop, bawah: dilihat dengan mata telanjang) . Meskipun ada banyak galur Agrobakterium, sampai saat ini hanya Agrobacterium tumefaciens yang digunakan untuk perantara transfer gen pada tanaman.

Ada 2 galur Agrobakterium yang biasa dipakai untuk transfer gen. Yang pertama yaitu GV3101. Galur ini biasanya dipakai untuk transfer gen pada tanaman model Arabidopsis. Ada kemungkinan juga bisa dipakai pada tanaman dikotil lainnya yang satu family dengan Arabidopsis. Galur lainnya adalah LBA 4404, yang biasa dipakai untuk transfer gene pada tanaman padi, jagung, atau tanaman monokotil lainnya. Perlu diingat juga bahwa metode transformasi gen pada tanaman adalah sangat spesifik artinya setiap species tanaman memiliki cara yang unik dan berbeda dengan tanaman lainnya. Misalnya untuk tanaman Arabidopsis, metode yang digunakan adalah floral dip (1), sedangkan untuk padi menggunakan metode callus transformation (2).

References:

1. Clough SJ and Bent AF. (1998) Floral dip: a simplified method for Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana. Plant J 16(6): 735-743.

2. Hiei Y et al. (1994) Efficient transformation of rice (Oryza sativa L.) mediated by Agrobacterium and sequence analysis of the boundaries of the T-DNA. Plant J 6(2): 271-282.

Isolasi DNA di Dapur

Siapa bilang riset Biotek itu selalu butuh biaya tinggi dan alat-alat yang mahal. Kita bisa lakukan percobaan sederhana di dapur kita masing-masing, tidak harus di laboratorium terkenal atau di kampus terbaik. Seperti isolasi DNA misalnya, mudah saja. Kali ini kita coba untuk mendapatkan DNA dari buah-buahan atau sayuran seperti stroberi, pisang dan brokoli. Untuk mendapatkan DNA dari stroberi, ikuti beberapa langkah berikut.

Siapkan alat dan bahan: stroberi, plastik klip, deterjen, alkohol dan gelas. Sedangkan urutan langkahnya adalah:

1. Masukkan stroberi ke dalam plastik klip.
2. Hancurkan stroberi dengan cara meremas-remas sampai menjadi larutan.
3. Tuang dalam gelas.
4. Tuang alkohol melalui dinding gelas secara perlahan. Catatan: alkohol bisa disimpan di freezer sebelum memulai percobaan.
5. DNA terlihat seperti gumpalan putih yang melayang dalam larutan.

Untuk memperjelas, ikuti tayangan berikut:

Sedangkan untuk isolasi DNA dari pisang dan brokoli, bisa melihat tayangan di bawah ini.

Selamat mencoba. Semoga berhasil…..

Mengenal Mikroskop

Alat ini dibuat pertama kali pada tahun 1590 dan mengalami perkembangan yang pesat sampai saat ini sehingga bisa dikatakan sebagai alat wajib bagi para peneliti bidang Mikrobiologi, Biotek, dan analis bidang Medis dan Kedokteran. Alat ini digunakan untuk melihat benda yang sangat kecil (berukuran mikro) seperti bakteri, virus, jaringan, sel, dan lain-lain. Mikroskop yang sering digunakan untuk riset dasar bisa dilihat pada gambar berikut:

Dari luar memang terlihat sederhana, namun bagian dalamnya sebenarnya sangat rumit dan memiliki banyak lensa yang memungkinkan kita bisa melihat benda sangat kecil dengan perbesaran 40x sampai 100x. Bagian dalam alat ini bisa dilihat pada gambar berikut:

Dalam bidang Bioteknologi Tanaman, mikroskop digunakan untuk melihat jaringan, organ mikro seperti bagian-bagian bunga, sel epidermis, bahkan untuk localization (GFP-fusion protein) baik dengan menggunakan protoplas (sel yang telah dihilangkan dinding selnya), BY2 cells, atau onion epidermal cells.

Enam Bulan Perjalanan Blog Biotek Tanaman (2)

Dalam umur yang masih balita (6 bulan), Alhamdulillah, blog ini sudah bisa dengan mudah ditemukan di search engine-nya Google. Berikut contoh-contoh hasil googling yang berkaitan dengan biotek, terutama bioteknologi tanaman. Dengan key word sederhana, maka artikel di blog ini muncul di urutan pertama atau kedua.

 

Di atas hanyalah beberapa contoh yang menunjukkan betapa mudahnya menemukan blog ini. Anda bisa mencoba menggunakan key word lain yang berhubungan dengan biotek. Selamat mencoba!

Mengenal Water Baths

Mirip dengan Heating Block, Water Baths juga digunakan untuk keperluan inkubasi dan lain-lain, atau bahkan bisa menggantikan heating block. Bedanya hanya ada media berupa air untuk pemanasan. Contoh alat ini bisa dilihat di gambar:

Selain pengatur suhu, beberapa water baths juga dilengkapi dengan shaker (penggoyang) yang bisa diset kecepatannya.

Mengenal Heating Block

Heating Block adalah sebuah alat yang bisa digunakan untuk beberapa keperluan, misalnya untuk inkubasi suatu reaksi enzimatis, atau bisa juga untuk heat shock saat kita melakukan transformasi pada E. coli atau yeast. Contoh alat ini bisa dilihat pada gambar berikut:

Alat ini pada umumnya memiliki kisaran suhu antara 30 sampai 115 derajat celcius. Suhu yang diinginkan bisa diset sedemikian rupa dan bisa diatur berapa lama waktu yang diperlukan. Thermometer manual bisa dipasangkan untuk tujuan ke-akuratan, jika kita merasa kurang yakin atau jika alat yang digunakan sudah tua. Alat ini tersedia dengan berbagai ukuran lubang yang bisa digunakan untuk E-tube dan berbagai ukuran test tube (lihat gambar).