How to be Member of DNAR Group?

Sebelum menjawab pertanyaan di atas, ada baiknya Anda mengetahui beberapa hal tentang grup DNAR. Grup ini dibentuk oleh Dr. Su’udi dan disediakan untuk mahasiswa S1 dan S2 yang ingin melengkapi Tugas Akhir (TA) -nya di bidang Bioteknologi, khususnya Bioteknologi Tumbuhan. Beberapa hal yang perlu diketahui adalah sebagai berikut:

1. Seluruh anggota akan mendapatkan fasilitas untuk penelitian.
2. Setiap mahasiswa akan disediakan topik untuk TA-nya.
3. Desain eksperimen jelas, terarah, dan terorganisir dengan baik.
4. Mahasiswa yang memiliki IPK di atas 3.5 didukung agar bisa lulus cumlaude.
5. Setiap anggota akan bekerja dalam tim, agar pekerjaan menjadi lebih ringan.
6. Setiap mahasiswa dibimbing agar bisa menulis artikel dengan baik dan benar.
7. Ada meeting rutin untuk membahas progress dan hal-hal terkait penelitian.
8. Setiap anggota otomatis terdaftar di GLOSH program yang dikelola Keluarga Alumni Biologi (KABio).
9. Harapannya setiap member melanjutkan studi pasca (S2 & S3) segera setelah lulus.

Hal-hal di atas tersebut yang mungkin membedakan grup ini dengan lainnya. Selain itu, grup ini lebih mengutamakan KUALITAS bukan kuantitas, sehingga jumlah anggota dibatasi. Maka, siapkan diri Anda dengan percaya diri.

Untuk menjadi anggota DNAR, Anda bisa mengisi dan mengirim formulir pendaftaran yang berisi:

Nama               :

NIM                :

IPK Terkini     :

Email               :

Nomor HP       :

Motivasi Anda (uraikan dalam bentuk paragraf):

Setelah semua data terisi, Anda bisa mengirim ke email: msuudi.rda@gmail.com dengan melampirkan CV dan transkrip. Setelah itu proses skrining dokumen dilakukan dan dilanjutkan dengan interview. Pemberitahuan akan disampaikan melalui email atau SMS/WA.

Profile of DNA Research Group

DNA Research Group is a part of Laboratory of Botany and Biotechnology, Biology Department, FMIPA, University of Jember. Established in the beginning of 2018, our group focused on the utilization of DNA as a tool for detection, identification and modification of biological materials. On April 2018, University of Jember through LP2M creates Kelompok Riset (KeRis) program to supports any research group with regular funding for research activities. In KeRis program, our group registered as DNA SAKTI (DNA Sequence Authenticity as Key determinant for Tropical plants of Indonesia). As illustrated in our name, the main project of this group is DNA barcoding for tropical plants. Instead of barcoding, we also provide other research topics which are available for students (undergraduate and graduate) for completing their final duty getting the degree. In brief, our research topics are: 1) DNA Barcoding, 2) Functional Genomics and Physiology, 3) DNA Manipulation, and 4) Pathogen Detection. Further details about our activities, you may visit our laboratory at Microbiology building 2^nd floor FMIPA, University of Jember.

Mengenal Teknologi Antisense

Salah satu cara untuk mengetahui fungsi suatu gene adalah dengan mengurangi atau menghilangkan ekspresinya. 

Memahami Istilah Overexpression

Dalam bidang Genetik dan Bioteknologi, seringkali kita menemukan istilah “Overexpression (Overekspresi)” atau biasa disingkat menjadi “OX”. Dari pemilihan kata tersebut tentunya bisa dipahami bahwa overekspresi merupakan pengungkapan untuk menunjukkan ekspresi yang berlebih dari suatu gen. Teknik overekspresi juga merupakan salah satu cara untuk mempelajari atau mengeksplorasi fungsi sebuah gen.

Dalam kondisi normal, suatu organisme (manusia, hewan, tanaman, mikroba, etc.) memiliki jumlah gen atau gene product (protein) dengan tingkatan ekspresi yang tepat/ sesuai. Teknik overekspresi dipakai para ilmuwan untuk menjawab pertanyaan “Apakah akibat yang ditimbulkan ketika suatu gen berada dalam kondisi berlebih?” dan “Apakah kondisi tersebut memiliki efek terhadap gen lainnya dan berpengaruh terhadap produk yang dihasilkan?”.

Pada umumnya teknik overekspresi dilakukan dengan cara mengisolasi (kloning) sebuah gen yang sudah diketahui fungsinya, dan kemudian ditransformasikan ke organisme tujuan. Organisme tujuan yang dimaksud di sini bisa dari organisme yang sama, misalnya gen dari padi dioverekspresikan di padi, atau bisa juga organisme yang berbeda, misalnya gen dari bakteri dioverekspresikan di tanaman. Jika organisme tujuan tersebut berbeda dengan organisme dimana gen tersebut diisolasi, maka istilah tersebut dikenal dengan overexpression in heterologous organism. Secara ringkas, teknik overekspresi ini bisa dilihat di gambar berikut [1]:

Perumpamaan paling mudah untuk menjelaskan teknik overekspresi adalah begini. Misal sebuah pabrik gula memproduksi sebanyak 200 ribu ton per tahun, bagaimana produksi per tahunnya jika mesin dan tenaga kerjanya ditambah menjadi dua atau beberapa kali lipat?

Contoh teknik overekspresi yang telah berhasil adalah rekayasa padi emas (Golden Rice) dengan cara memasukkan gen PSY dari tanaman bunga Daffodil ke padi [2], yang dilanjutkan dengan rekayasa padi emas generasi 2 (Golden Rice 2) dengan memasukkan gen PSY dari jagung ke padi [3]. Artikel tentang Golden Rice bisa dilihat di blog ini (Judul: Golden Rice: Dulu, Kini, dan Nanti).

Contoh lainnya adalah Tebu Tahan Kekeringan yang dirakit oleh Prof Bambang Sugiharto (Universitas Jember) bersama tim peneliti dari P3GI dan PT Perkebunan Nusantara yang pada awal bulan ini diberitakan di jurnal bergengsi level internasional yaitu Nature Biotechnology [4]. Tebu ini dirakit dengan teknik overekspresi gen betA yang menyandi protein choline dehydrogenase (CDH) yang berasal dari bakteri Rhizobium meliloti.

Referensi:

1. Prelich G. Gene Overexpression: Uses, Mechanisms, and Interpretation. Genetics 2012; 190 (3): 841-854.

2. Ye, X. et al. Engineering the provitamin A (beta-carotene) biosynthetic pathway into (carotenoid-free) rice endosperm. Science 2000; 287: 303-305.

3. Paine, J.A. et al. Improving the nutritional value of Golden Rice through increased pro-vitamin A content. Nature Biotech 2005; 24(4): 482-487.

4. Waltz E. Beating the Heat. Nature Biotech 2014; 32: 610-613.

Jalan Menuju Sukses itu Sudah Jelas

Benarkah? Bagaimana Anda tahu itu semua?

Bagi yang mempelajari Biologi tentu sudah mengetahui bagaimana proses terjadinya fertilisasi pada manusia. Secara singkat, hanya ada satu sel sperma terpilih yang akan membuahi sel telur. Sel sperma terpilih tersebut adalah sel yang paling kuat, paling energik, paling cerdas, paling berkualitas dan paling menarik, karena sel telur memiliki kemampuan dan kemauan serta otoritas untuk memilih sel sperma yang boleh membuahinya.

Jadi, setiap manusia sebenarnya adalah makhluk terpilih yang seharusnya memiliki kemampuan utk berjuang menjadi yang terbaik.

Academic Supervisor

Academic supervisor (AS) adalah orang yang membimbing kita selama menjalani studi. Mereka bisa sebagai profesor, ketua lab, atau direktur di sebuah perusahaan riset. Jika diumpamakan sebuah keluarga maka AS bisa disebut sebagai kepala keluarga, karena dia lah yang menentukan arah dan tujuan sebuah perjalanan.

Untuk mereka yang menjalani studi secara menyeluruh (jenjang S1 sampai S3), tentunya akan/sedang/telah merasakan bimbingan dari beberapa AS dengan berbagai karakter. Supervisor saat S1 tentunya berkarakter yang berbeda dengan ketika mengenyam studi S2 atau S3. Yang perlu diingat adalah setiap laboratorium memiliki aturan yang berbeda, yang biasanya mencerminkan karakter pemiliknya (professor/ ketua lab). Dan pada umumnya semua anggota lab harus mematuhi segala tata tertib yang sudah dibuat, baik yang tertulis atau pun yang tidak tertulis.

Ada lab yang mewajibkan mahasiswanya datang sebelum prof.nya datang dan pulang setelah prof.nya pulang. Ada juga yang mewajibkan datang sesuai dengan jam kerja yang sudah ditentukan (misal jam 9 pagi sampai jam 6 sore, atau jam 9 pagi sampai jam 10 malam, dsb). Ada juga aturan lab yang tidak mengikat anggota lab.nya, artinya mereka bisa datang dan pergi setiap saat asal semua target dan kerjaan beres.

Terlepas dari aturan lab, karakter prof. juga perlu dikenali untuk memudahkan kelancaran studi. Ada yang berkarakter pendiam (tidak banyak ngomong), tapi tiba-tiba memberikan surat pemecatan menjadi mahasiswanya. Ada yang bertipe workholic (gila kerja) sehingga tanpa melihat waktu, terus memberikan pekerjaan terhadap bimbingannya. Selain itu, ada yang berkarakter temperamen, sehingga mahasiswanya tidak pernah melihat senyum prof. kecuali di hari wisuda. Ada juga yang berkarakter “take and give”, yaitu prof. memperlakukan mahasiswanya sesuai hasil kerja yang telah dicapai.

Masih banyak aturan lab dan karakter prof. yang tidak tertulis di blog ini. Apa pun aturan lab. yang berlaku, selama tidak mengganggu menjalankan ibadah agama dan masih menghormati nilai-nilai kemanusiaan, InysAllah semuanya masih bisa diterima. Bahkan bisa jadi kerja keras yang dijalani selama menempuh studi merupakan loncatan tertinggi menuju sebuah kesuksesan yang lebih besar, lebih bermanfaat dan lebih barokah.

Alhamdulillah, selama penulis mengenyam studinya di Korea, penulis telah mengalami bermacam aturan lab. yang memang berbeda di setiap tempat atau universitas. Penulis juga merasakan bimbingan beberapa supervisor yang memiliki karakter berbeda.

Semoga suatu saat nanti, penulis bisa menyimpul segala hal-hal baik yang telah dijalani di berbagai lab. dan memilah karakter-karakter dari supervisors untuk diaplikasikan nanti ketika penulis menjadi Academic Supervisor. Semoga…

PCTOC – Most Downloaded Documents

Alhamdulillah,

Publikasi tentang OsCCS52B termasuk yang paling sering diunduh di PCTOC, Journal of Plant Biotechnology.

Rice Transformation (Version I)

Banyak sekali metode yang digunakan untuk melakukan transformasi gen ke padi. Untuk itu, pada postingan Rice Transformation, penulis akan menjelaskan beberapa metode (version) yang sering dipakai di beberapa laboratorium. Untuk Version I, metode yang dipakai sebagai berikut:

Callus Induction

1. Dehusk seeds with mortar and pestle, sterilize seeds in 95% EtOH for 5 min and then in 40% bleach on shaker for 30 min.

2. Rinse with sterile water. Then rinse 3 more times for 10 min on shaker.

3. Place seeds on calli induction media (2N6) for 4-6 wk., w/ about 12 seeds per plate.

4. Move calli to new 2N6 for 4-5 days prior to transformation.

2N6 media: 4.0 g/L N6 salts and vitamins (or from liquid stock), 30 g/L sucrose, 1 g/L casamino acid, 2.0 mg/L 2,4-D, adjust pH 5.6-5.8., 2 g/L phytagel.

Agrobacterium Culture

1. Inoculate Agro strain on AB liquid, incubate for 3 days at 30°C.

AB carbon: 5 g/ 0.9 L glucose, 15 g/ 0.9 L bacto agar.

AB buffer: 60 g/L K2HPO4, 20 g/L NaH2PO4.

AB salts: 20 g/L NH4Cl, 0.2 g/L CaCl2, 3 g/L KCl, 6 g/L MgSO4, 0.05 g/L FeSO4 7H2O.

AB: 900 mL carbon + 50 mL buffer + 50 mL salts + antibiotics (autoclave salts, buffer, and carbon solutions separately).

Transformation

 

Good Thing is You not Give Up

Kalimat itulah yang dikatakan oleh Chairman komite disertasi tahun lalu ketika Penulis menyerahkan draft disertasi final-nya setelah berhasil mempertahankan di seminar terbuka. Tidak berlebihan memang, karena keberhasilan tersebut dilalui dengan perjuangan. Bukan hanya penulis blog ini yang mengalami perjuangan berat dalam studinya, namun hampir semua mahasiswa yang sedang menempuh S3 tentunya mengalami hal yang sama. Tidak sedikit mahasiswa (Korea atau Foreigner) mengalami stagnant dalam riset, karena gagal mendapatkan data yang diperkirakan, sehingga kesulitan untuk menulis di sebuah jurnal internasional. Bahkan sebagian dari mereka terpaksa pulang ke negaranya tanpa membawa kesuksesan dalam studi. Selain itu, mahasiswa Korea pun banyak yang berhenti tanpa mampu menyelesaikan studinya.

Satu hal yang perlu kita jaga “Bertahanlah sampai kita sukses dalam studi”. Kita perlu melihat betapa banyak masyarakat di Indonesia yang ingin ke luar negeri untuk melanjutkan sekolah S2 atau S3. Betapa mereka ingin memandang keindahan negeri Ginseng ini. Mulai dari kota Jinju yang sangat terkenal dengan kain sutra dan Gyeongsang National University-nya (Top 5 in Plant Science), kota Daegu yang disebut sebagai “Fashion City”, kota Pohang yang terkenal dengan POSTECH dan POSCO-nya, kota Suwon yang terkenal dengan Samsung-nya, kota Anseong yang terkenal dengan tarian tradisional-nya, sampai dengan kota Daejeon yang terkenal dengan sebutan “The City of Technology”-nya Korea.

Bersyukurlah karena kita masih diberi kesempatan untuk menimba ilmu di negeri Kuning ini. Sekali lagi, ketika kesulitan terus muncul, ingatlah bahwa “Kemenangan yang dicapai dengan dengan susah payah akan menimbulkan kebanggaan yang luar biasa”. Lihatlah senyuman orang-orang yang mencintai kita, ketika kesuksesan tersebut kita raih dengan perjuangan super klimaks. Mengharukan bukan?

Sukses selalu,

Penulis

DNA Clean-Up

Metode ini diperlukan untuk memurnikan DNA setelah reaksi pemotongan enzyme. Proses tahapan berikutnya (ligasi) lebih besar keberhasilannya. Kit berasal dari Qiagen (QIAquick Gel Extraction Kit). Berikut caranya:

1. Tambahkan 3 vol. buffer QG dan 1 vol.  isopropanol, mix.
2. Masukkan pada kolom.
3. Sentrifuge 1 menit, buang flow-through.
4. Cuci dengan 0.73 buffer PE.
5. Sentrifuge 1 menit, buang flow-through.
6. Sentrifuge 1 menit, 13.000 rpm.
7. Tempatkan kolom pd E-tube, keringkan 1 menit.
8. Elute dengan 25 microliter air atau EB buffer.
9. Sentrifuge 1 menit, 13.000 rpm.